Dr. Bahaddin Şakir, İttihat ve Terakki Cemiyeti Merkez Komitesi üyesi olarak Hristiyanların imha edilmesi konusunda alınan kararlarda bizzat yetkili önder kişiliklerindendir. Onu soykırımın planlanması, hazırlanması ve uygulanması konularında önemli kılan unsur, büyük bir olasılıkla 1913 yılında Dahiliye Nazırı Talat Paşa tarafından kurulan Teşkilat-I Mahsusa’da üstlendiği önemli görevdir. Ancak bu kurum, Harbiye Nazırı Enver Paşa'nın denetiminde olan aynı adlı kurumla karıştırılmamalıdır. 1913 ile 1916 baharına dek aynı ad altında olup birisi Harbiye Nazırının ve ötekisi Jöntürklerin parti merkez komitesinin denitiminde paralel çalışırken rekabet halinde olan iki kurum mevcuttu. İkincisi, Dr. Bahaddin Şakir'in başkanlığında beş kişilik bir polit bürodan oluşmaktaydı. Dönemin Osmanlı basını, İttihat ve Terakki Cemiyetinin asıl başkanının Dr. Bahaddin Şakir olduğundan ve Talat ile Enver Paşa'nın kendisinden çekindiğinden bahseder.  ⁽¹⁾; 1915 baharında ise, bu iki kurum Doğu Anadolu'da birleşir.

İki kurum arasında işlevsel ya da içeriksel bir farklılık yoktur, yalnız oluşumu farklıdır; sadece ikinci kurum Ağustos 1914'den başlayarak mahkumlardan askeri birlikler oluşturulmuştur ve bu da Jöntürk Merkez Komitesinin bu tarihte soykırım amacında olduğunu göstermektedir. Özellikle Adalet Bakanlığı başta olmak üzere, bu konuda bakanlıkların yoğun çaba harcadığı bilinmektedir. Harbiye ve Dahiliye Bakanlıkları, 1914 Kasımından itibaren çetelerin kurulmasında önayak olmuşlardır. 'Katil ve hırsızlık suçundan birkaç kez hüküm giyenler başta olmak üzere, cezaevlerinde bulunanların serbest bırakılarak askeri görevler almaları çabuklaştırılmıştır'  ⁽²⁾. Aralık 1915'de çıkarılan bir yasayla ağır suçluların askere alınması gündeme gelmiş, İttihat ve Terakki Cemiyetinin Genel Sekreteri Midhat Şükrü bu kişileri, Ermeni çocuk ve kadınları katliamdan geçirerek vatana hizmet etmeleri nedeniyle 'hürmete değer' kişiler olarak ilan etmiştir. Osmanlı tebaalıların organize toplu katliamı, günün koşullarıda resmi anlamda 'iade-i itibar' yoluyla af unsuru olarak görülmekteydi.

Bahaddin Şakir, savaşın kaybedilmesinin ardından 30.10.1918 günü diğer kadrolarla birlikte yurt dışına kaçmıştır. Berlin'de başka bir isim altında yaşadığı sırada, 17 Nisan 1922 günü Trabzon Valisi Cemal Azmi ile birlikte öldürüldü. Berlin-Neukölln'de bulunan ve günümüzde 'Berlin Türk Şehitliği' olarak anılan Müslüman mezarlığında bulunan kabri, 2011 yılında tepeden tırnağa yenilenmiştir.



Dr. Bahaddin Şakir’in eşi ve çocukları da 1926 yılında çıkarılan özel yasadan yararlanmış ve kendilerine yaşam boyu maaş bağlanarak, diğerlerinde de olduğu gibi Ermenilerin el koyulmuş evlerinden tahsis edilmiştir.

Dr. Bahaddin Şakir’in adı, bazı yabancı kaynaklarda ve ilk mezar taşında Osmanlı döneminde kullanılan yazının değişik transkripsiyonları nedeniyle „Bahaeddin“, „Bahattin“ ve „Shakir“ olarak da geçmektedir. Ayrıca, kendisi “Baha Bey” olarak da bilinmektedir.

Türkiye’de Baha Bey Sokakları ve İstanbul’da bir Baha Bey Apartmanı bulunmaktadır. Ancak bu konuda kesin bir veri yoktur.